Die Geschichte der Schifffahrt auf dem Vierwaldstättersee war geprägt vom Kampf um die gebührenfreie Fahrt auf dem See beziehungsweise vom Rechtsanspruch, die Fürleite, eine Transporttaxe, erheben zu können. Schiedsgerichte hatten jeweils die Konflikte zu entscheiden, damit diese dem Handel nicht zu stark Abbruch taten. Schifffahrtsordnungen versuchten die Schifffahrt zu regeln. So erliess 1374 die Flüeler Gesellschaft "im Theil" eine Schifffahrtsordnung. Frau oder Mann, welche zur Säumerei mit einem Pferd berechtigt war, durfte auch einen Nauen halten. Es war zwar erlaubt, dass mehrere zusammen einen Nauen anschafften; es durfte jedoch nur ein Nauen pro Haushalt eingesetzt werden. Geregelt wurde die Abfertigung und die Kontrolle durch eigens dafür vorgesehene Beamte. Ein Schiff durfte mit höchstens 16 Rudern ausgestattet sein. Der Schiffsmann durfte nur den Lohn einziehen, der von den Landleuten festgesetzt worden war. Auf eine Fahrt konnte der Schiffsmann zwar verzichten, doch bei zuwenig vorhandenen Schiffen bestand Transportzwang. An Sonntagen, Weihnachten, Ostern, Auffahrt sowie an weiteren hohen Festtagen galt ein Fahrverbot.

Zwischen den Ländern und der Stadt Luzern wurden ebenfalls Vereinbarungen getroffen. 1544 wurde beispielsweise zwischen Uri und Luzern vereinbart, dass die Fürleite die Hälfte der Transportgebühr ausmachen sollte. Die Schiffe durften aber im fremden Gestade nur das verladen, was transportbereit vorhanden war und nicht so lange warten, bis neue Waren eintraf. Zudem durften die Schiffsleute am andern Ufer nur eine Nacht verbringen und mussten am folgenden Morgen wegfahren, egal, ob sie nun Waren für die Rückfahrt gefunden hatten oder nicht. Nur wenn sie durch Sturm und Regen am Wegfahren verhindert waren, konnten sie länger bleiben, wobei sie in einem solchen Fall das Anrecht auf Rückladung hatten.

Bis 1357 hatte jedermann, der seekundig war, das Recht, Personen und Kaufmannsgüter nach den Uferorten zu überführen. Später kamen diese Rechte in die Hände der Gesell- oder Bruderschaften. In den Vereinbarungen wurde geregelt, was von wem wann und wie transportiert werden durfte. Eine Ordnung zu erlassen war das eine, diese durchzusetzen das andere. So beklagten sich die Luzerner Ausgang des 17. Jahrhunderts, dass sie vor dem Zugriff der Urner nicht mehr sicher seien, wenn sie in Flüelen übernachten müssten. Selbst die Ruder seien ihnen schon gestohlen worden. Und einmal seien sie sogar von den aus Leibeskräften schimpfenden Urnern auf dem See so nahe an den Felsen gedrängt worden, dass ihre Ruder zerbrachen.

Im Jahre 1765 als James Watt in England die erste Dampfmaschine erfand, stellten die Luzerner Schiffsleute ein Verzeichnis derjenigen Schiffsladungen zusammen, die ihnen von den Urner widerrechtlich weggenommen wurden. Dies liessen die Urner nicht auf sich sitzen und stellten ihrerseits eine Liste von Fällen zusammen, die aufzeigen sollte, wie widerrechtlich die Luzerner sich ihnen gegenüber verhielten.

Nebst der Unbill des Wetters war die Trunkenheit am Steuer und Ruder ein Problem. Wenn um 1800 ein Unglück geschah, soll dies laut Reiseberichten immer mit der Betrunkenheit des Steuermanns und der Ruderer zu tun gehabt haben. In der Schiffahrtsordnung von 1809 wurde ausdrücklich festgehalten, dass "jeder Schiffmann oder Angestellter" sich "besonders vor Trunkheit hüten" sollte.

Wegen dauernden Streitigkeiten zwischen den zwei Flüeler Schiffahrtsgesellschaften bestimmt der Urner Landrat gleichzeitig, dass diese sich zusammenschlossen und unter besondere staatliche Aufsicht gestellt wurden. Von nun an galt die eigentliche staatliche Protektion der Urinauengesellschaft, deren Mitglieder als die "patentierten Urner Schiffer" erklärt wurden.

Als sich 1826 die an einem ungehinderten Gotthardverkehr interessierten Kantone Basel, Solothurn und Tessin zu einer Konferenz in Altdorf treffen, um endlich die leidigen Schifffahrtsverhältnisse zu verbessern, wird Uri und Luzern die Anschaffung eines Dampfschiffes empfohlen. Trotz dem baldigen Einzug des Dampfschiffes (1842) versuchte sich die Urinauengesellschaft hartnäckig am Leben zu erhalten. Noch 1874 sprach der Bezirksrat von Uri einen Beitrag für den Bau eines neuen Nauens.

Nebst den grossen Nauen fuhren auch Schaluppen auf dem See. Diese wurden durch ebenfalls Ruder und Segel fortbewegt. "Jassli", der Nauen der Ziegelbütte (Tragfähigkeit 500 kg) war zirka 12 Meter lang und 3 Meter breit. Wenn Holz nach Luzern transportiert wurde, lud man 12 Klafter. Bei Benützung der Stossruder ohne Segelmithilfe machte der zurückgelegte weg in einer halben Stunde, je nach Ladegewicht und Wetterverhältnissen, zirka 3 km aus. Eine Fahrt bis zum Schillerstein dauerte somit 4 Stunden, vom Schillerstein bis zur Treib eine Stunde, bis hinunter nach Alpnach 10 Stunden und die Heimfahrt bis Flüelen mit gespannten Segeln wiederum cirka 8 Stunden.

Bei der Abfahrt in Flüelen benutzten die Schiffsleute mit ihren Nauen und Segeln die Reussbise. Der Isenthaler Talwind oder "Kaffeewind" trieb sie oftmals mitten auf den Urnersee hinaus. Vom Schillerstein ruderten die Leute hinüber zum Fallenbach und benutzten hier den "Brunnerli", den nächtlichen Talwind, der vom Muotatal her über den See hinunter die Wellen kräuselte.

Die Hauptfahrlinien waren Flüelen-Brunnen und Flüelen-Luzern. Bei den grösseren Fahrzeugen waren die Ruderknechte einem Schiffmeister unterstellt. Der Uri-Nauen fuhr die Strecke Flüelen-Luzern jede Woche einmal kursmässig, am Mittwoch fuhr er ab und kam am Freitag gegen Abend wieder zurück. Er war im Hauptteil mit einer Bedachung versehen, unter der die Kaufmannsgüter, sowie die mitfahrenden Reisenden Schutz und Schirm vor Wind und Wetter fanden. Die Rudermannschaft teilte sich in die vordere und hintere Abteilung. Für den besseren Stand war im Hinterteil des Nauens eine Ruderbühne eingebaut.

Des weitern kursierten schon seit dem Ende des 17. Jahrhunderts wöchentlich zweimal die Postschiffe in der Richtung Flüelen-Luzern und umgekehrt, welche gegebenfalls auch Passagiere mitnahmen.