Die Waldungen sind erstmals in einer Urkunde vom 12. Juni 1382 erwähnt. Die Einleitung der Vereinbarung verweist auf einen noch älteren Bannbrief. Der Wald war schon damals Allmendgebiet. "Die zue Flüelen" mussten bei den "Herren und Oberen" vorstellig werden, um urkundlich festzulegen, dass alles Holz oberhalb Flüelen unter Bann zu setzen und dem Eigennutzen zu entziehen sei. Nach dem alten Brief stand lediglich das "Buochenholtz" unter Schirm und Schutz. Mit dem neuen Brief wurde nun der ganze Wald unter bestimmten Bedingungen unter Schutz gestellt. Der Hangwald bedeutet für das Dorf Flüelen ein bedeutender Schutz. Es wurde festgehalten, dass jedermann "ess wäre frauw oder Mann", dessen Güter an den Wald grenzen, wohl Hagholz im Walde hauen dürfe, aber dem Walde "ungefarlich und so er Unschädlich ist". Es dürfe aber niemand das Hagholz wegtragen oder wegführen. Der Beschluss enthält noch Hinweise auf das Hagholz, Bauholz für Häuser und Ställe und weitere kleine Nutzungen.
Der Name Gruonwald wird erstmals 1544 schriftlich erwähnt. Das Urner Namenbuch führt den Namen Gruonwald zurück auf das mittelalterliche Gronon zurück, was Felsvorsprung bedeutet. Gronon wäre danach der Ort beim Felsvorsprung, also bei den Flühen. Der heutige Dorfname Flüelen erweist sich somit als Übersetzung des älteren Namens Gronon. 

Nach einem Landsgemeindebeschluss von 1675 gehört der Gruonwald "denen zu Altdorf, Bürglen und Flüelen". Der Gruonwald wird von den drei Korporationsgemeinden verwaltet. Dieser Grundsatz fand 1820 Aufnahme in das Urner Landbuch als auch 1916 in das Allmendbuch der Korporation Uri. Beim Gruonwald handelt es sich nicht nur um einen Gebirgswald, sondern das Gebiet umfasst auch eine Alp. Die Wälder und Weiden liegen nahe von zahlreichen Bergheimwesen, angefangen von den Gütern im Gruontal (Zeissig, Guferli, Gruonbergli) über die Eggbergen bis zu den hoch gelegenen Bergen von Bürglen. Der Gruonwald mit seinem Holz und seinen Weiden brachte für die umliegenden Bauernbetriebe eine Verbesserung der Existenzgrundlage. Das war in früheren Jahrhunderten mit erheblich geringerer Mobilität noch viel mehr der Fall als heute. Zudem war und ist der Gruonwald der naürliche Schneefluchtraum für die Alpen Zurgand und Schönenchulm. 

Der Gruonwald als genutztes Allmendgut ist seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts fassbar. Die Nutzung dürfte jedoch viel älter sein. Die drei Gemeinden hatten eine gemeinsame Ordnung aufzustellen und diese dem Landrat zur Genehmigung einzureichen. Für die Durchsetzung der Ordnung verpflichtete der Landrat die Dorfschaften, einen Vogt zu bestimmen.  

Die Ordnung von 1718
1. Die Dorfvögte kommen jeden Frühling zusammen und bestimmen den Auffahrtstag.
2. Bis zur Ruosalperfahrt darf jeder nach Belieben auftreiben. Nach der Ruosalperfahrt darf jeder nur mehr zwei Kühe belassen. Das Schneefluchtrecht der Sentenalpen bleibt bestehen.
3. Nach Heilig-Kreuz-Tag herrscht im Gruonwald wieder freier Weidgang ohne Einschränkung.
4. Heuen und Streue sammeln in der Kuhweid ist verboten.
5. Schafe müssen dem Rindvieh unschädlich gehalten werden.
6. Der Alpvogt wird dem Umgang nach aus den drei Gemeinden gewählt. Wahlinstanz sind die versammelten Dorfvögte. Der Gruonwaldvogt hat die Aufgabe, zu kontrollieren und Fehlbare einzuklagen, den Schwändbatzen einzuziehen und mit den Dorfvögten abzurechnen.

Während des ganzen 19. Jahrhunderts ist ein ständiges Bemühen um eine Verbesserung der Gruonwaldordnung im Gange. In der Holzwirtschaft herrschten katastrophale Verhältnisse und man tat sich schwer, Ordnung in die wilde Holzerei zu bringen. Hinsichtlich der Nutzung hatte man in den drei Gremien unterschiedliche Erwartungen. Während sich die Gemeinden Altdorf und Flüelen Einkünfte in die Gemeindekasse erhofften und Nutzungsänderungen, gar Teilungsprojekten nicht abgeneigt waren, widersetzte sich Bürglen allen Versuchen, die traditionelle Nutzung einzuschränken. Die Bürgler Bauern verstanden den Gruonwald als gemeinsame Allmend mit gemeinsamer Nutzung für alle in den drei Kirchgängen sesshaften Korporationsbürger.

1858 beschlossen Altdorf und Flüelen grundsätzlich die Teilung des Gruonwaldes. Mit der Aufteilung der Streuenutzung wollte man einen Anfang machen. Bürglen widersetzte sich, ging gerichtlich vor und bekam beim Obergericht recht. Die Begründung: Das Landbuch weist den Gruonwald den drei Gemeinden gemeinsam zu. Eine Teilung gehe am Sinn und Zweck einer Allmend vorbei. Zudem habe sich die Minderheit der Mehrheit nicht ohne weiteres zu beugen. Trotz dieses Urteils unternahm Altdorf 1877 einen weiteren Versuch, den Gruonwald zu teilen. Es wurde dabei von Flüelen unterstützt. Bürglen widersetzte sich erneut.

1867 trat mit dem Einverständnis aller drei Gemeinden eine neue Gruonwaldordnung in Kraft. Die Gruonwald-Kommission, die unter dem Präsidium des Altdorfer Gemeindepräsidenten stand, erhielt damit grössere Kompetenzen. So konnte sie nun die Holzvergabungen vornehmen, was früher die einzelnen Dorfgerichte getan hatten.  Jede Gemeinde wählte weiterhin ihren eigenen Gruonwaldvogt. Die Gruonwaldverordnung regelte in 34 Paragraphen den Viehauftrieb, das Mähen der Streue, den Holznutzen, die Gruonwald-Plätze, die Aufgabenbereiche der Gruonwaldvögte und der Gruonwaldkommission, den Klägerlohn sowie die Annahme und die Aufkündigung der Ordnung. Kein Holz durfte in die Talebene herunter gebracht werden; dies war somit für den Eigenbedarf der Älpler und Bergbauern reserviert.

1895 sollte eine erneute Änderung der Gruonwald-Verordnung die Zuständigkeit der Kommission genau festlegen und ihre Kompetenzen erweitern. Gewichtig war, dass die drei gewählten Gruonwaldvögte der Kommssion unterstellt wurden. Auch das Forstpersonal (die auf Grund des kantonalen und korporativen Forstrechtes eingesetzten Revierförster und Forstingenieure) erhielten Aufgaben in der Holzerei zugesprochen. Die Vorlage sah jedoch vor allem das Mehrheitsprinzip vor. Bürglen opponierte und wollte an dem Einstimmigkeitsprinzip festhalten. Der Regierungsrat verweigerte in der Folge der Vorlage die Genehmigung.

Bild Franzenhütte

1904 legte die Gruonwaldkommission wieder eine Revisionsvorlage vor. Altdorf und Flüelen stimmten zu. Bürglen hingegen trat auf die Vorlage nicht ein. 1915 erfolgte der dritte Vorstoss für eine neue Gruonwaldordnung. Die Kräfteverhältnisse waren bekannt. Altdorf und Flüelen stimmten zu, Bürglen hatte gegen die Annahme nichts Grundsätzliches einzuwenden, machte aber verschiedene Einwände (Auflagenhöhe, Hagkosten, Schweinehaltung). Die Gruonwaldkommission ging über die Einwände hinweg, setzte die Ordnung auf den 5. April 1916 in Kraft und reichte sie dem Regierungsrat zur Genehmigung ein. Die Regierung lehnte die Einwände von Bürglen diesmal ab mit der Begründung, dass – sofern die Bestimmungen sich innert dem Erlaubten und den gesetzlichen Bestimmungen halten und keine besonderen Privilegien verletzen - sich nach dem Gewohnheitsrecht die Minderheit sich der Mehrheit zu unterziehen habe. Es wurde somit erstmals das Mehrheitsprinzip angewendet.

Das Holz des Gruonwaldes war früher für die Alpwirtschaft und für die Existenz der höheren Bergheimwesen dringend notwendig. Es gab somit privilegierte Heimwesen, die ein besonderes Holznutzungsrecht im Gruonwald besassen. Diese Rechte wurden 1915 bei der Grundbuchbereinigung angemeldet und wurden auch gehandhabt. Die älteren Gruonwald-Verordnungen verboten, das Holz ins Tal zu schaffen und dieses zu verkaufen. Im Lauf des 20. Jahrhunderts nahm der Stellenwert des Holzes für die Existenz der Bergheimwesen ab. Die aktuelle Ordnung von 1983 sieht denn auch die Möglichkeit, Holz zu verkaufen explizit vor.